در تحقیق حاضر، هدف تولید بیودیزل از روغن ضایعات ماهی و متانول و استفاده از ترکیب همزن و ریز موج به عنوان تکنیکی برای سرعت بخشیدن به این امر می باشد. در انجام این تحقیق از سامانه ریز موج استفاده شد که شامل منبع ریزموج، همزن، لوله مارپیچی و دکانتور می باشد. به کمک این سامانه اثر عوامل نسبت مولی الکل به روغن (4 به 1، 6 به 1 و 8 به 1)، غلظت کاتالیزور (0.5، 1 و 1.5 درصد وزنی روغن)، زمان همزنی (5، 15 و 25 دقیقه) و زمان مایکروویو (0.5، 1.5 و 2.5 دقیقه) بر روی درصد تبدیل اسیدهای چرب به متیل استر بررسی شد. برای تجزیه و تحلیل نتایج از روش سطح پاسخ (RSM) و طرح باکس بنکن (Box Behnken) در نرم افزار Deisign Exeprt استفاده شد. پس از تحلیل داده ها و بهینه سازی واکنش تولید بیودیزل مشخص شد که بیشترین درصد تبدیل بیودیزل (92.62) در غلظت کاتالیزور 1.13 درصد، زمان واکنش 24.61 دقیقه، نسبت مولی الکل به روغن 5.91 و زمان مایکروویو 0.5 دقیقه به دست آمد. مدل رگرسیونی بین متغیرهای مستقل و متغیر وابسته (درصد تبدیل) به صورت معادله درجه دوم با ضریب تبیین R2=0.9953 به دست آمد.