مجله بیوتکنولوژی ایران
سال:1390 | دوره:10 | شماره:1 |تعداد مقالات:10

شناسایی موتاسیونهای ایجاد کننده مقاومت دارویی در روند مدیریت بیماران آلوده به عفونت HIV-1 مهم می باشد. هدف از پژوهش حاضر بررسی الگوی مقاومت ژن RT و subtyping سویه های ویروس HIV-1 در گردش و افزایش انتخاب پزشک برای درمان مناسب تر و موثرتر می باشد. RNA ویروس HIV-1 از 25 نمونه پلاسما جداسازی گردید و برروی آن واکنش RT Nested PCR انجام گرفت و محصول نهایی تعیین توالی و سکانسهای بدست آمده از نظر فیلوژنتیک مورد بررسی قرار گرفتند. از بانک اطلاعاتی مقاومت دارویی HIV در دانشگاه استنفورد جهت تفسیر نتایج بدست آمده استفاده گردید. نتایج آنالیز فیلوژنتیک نشانگر تحت تیپ A1 و B در 14 بیمار (58%) و 10 بیمار (42%) به ترتیب بود. از 24 بیمار مورد مطالعه، (66.6%) 16 بیمار به داروی NRTIs،8  بیمار (32%) به NNRTIs مقاوت نشان دادند، در حالیکه یک بیمار به NRTIs و همچنین NNRTIs حساسیت نشان داد. تفسیر نتایج مقاومت دارویی در این مطالعه نشانگر: 87.7% حساسیت به AZT، 70.8% حساسیت و 25% مقاومت سطح بالا به %87.7 ،3TC حساسیتTDF ، %29.1 مقاومت بالا به NVP و 70.8% حساس و 25% مقاومت بالا به EFV نشان دادند. نتایج نشان داد که احتمالا استفاده از رژیم درمانی 2 داروی NRTIs به همراه 1 ممانعت کننده از پروتئاز (PI)می NRTIs به همراه 1 داروی NNRTIs باشد، همانند بیماران ایرانی که از رژیم درمانی 2 داروی NRTIs به همراه NNRTIs استفاده می کنند و علاوه بر آن بازرسی و نظارت بایستی برای برآورد الگوهای مقاومت دارویی جهت درمان موثرتر انجام پذیرد.

سوالات زیادی در مورد نحوه عملکرد پروتئین آرتمین که یکی از فراوان ترین پروتئین های استرسی موجود در آرتمیا می باشد، وجود دارد. گزارشات موجود یک نقش حفاظتی RNA را بر اساس تمایل بالای آرتمین برای اتصال به RNA در دماهای بالا و شرایط آزمایشگاهی برای این پروتئین پیشنهاد می کنند. در تحقیق حاضر با بهره گیری از مطالعات الگوی انرژی میانکنش ها و شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی امکان حضور سایت های متصل شونده به RNA در آرتمین و خصوصیات ساختاری آن سایت ها پرداخته شد. آنالیزهای مربوط به الگوی انرژی میانکنش ها وجود برخی نواحی با پتانسیل اتصال به RNA را در آرتمین آشکار نمود. از لحاظ نوع میانکنش های بین مولکولی، سایت های متصل شونده به RNA در آرتمین شباهت های قابل قبولی را با سایت های متصل شونده به RNA در گروهی ویژه از پروتئین های متصل شونده به RNA بنام PUF نشان می دهد. بعلاوه، بررسی های مربوط به شبیه سازی دینامیک مولکولی نشان دادند که اولا، در حضور مولکول RNA و میانکنش آن با آرتمین کاهش شدیدی در محتوای ساختارهای دوم آرتمین ایجاد می شود و ثانیا، سایت های متصل شونده به RNA در نواحی از ساختار آرتمین قرار دارند که دارای انعطاف پذیری کمی می باشد. در انتها اینگونه به نظر می رسد که جایگاههای متصل شونده به گونه ای در ساختار آرتمین توزیع شده اند که مولکول RNA را به سمت فضای درون پروتئین هدایت می کنند و این خود می تواند به پیشنهادات قبلی مبنی بر نقش آرتمین در حمایت از RNA ها قوت بخشد.

اندازه گیری قابلیت زیستی پروبیوتیک ها در فرآورده های غذایی با استفاده از روش شمارش محیط کشتی، روشی متداول است. دلایل آن سهولت کار، ارزانی و امکان انجام آزمون روزانه است. در پژوهش حاضر، مناسب بودن کاربرد محیط کشت ام.آر.اس-بایل آگار برای شمارش اختصاصی مخلوط پروبیوتیک ها (لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس LA-5، ل. کازیی 431 و بیفیدوباکتریوم لاکتیس BB-12) در حضور باکتری های لاکتیک مزوفیل (لاکتوکوکوس لاکتیس زیرگونه لاکتیس و لاک. لاکتیس زیرگونه کرموریس) و باکتری های ماست (استرپتوکوکوس ترموفیلوس) مورد تحقیق قرار گرفت. باکتری های ماست در حضور صفرا رشد نکردند (غلظت های 0.15 یا 0.30). کشت مزوفیل قادر به رشد در هر دو غلظت صفرا در تمامی دماهای گرمخانه گذاری به جز 37 oC بودند. مطابق با نتایج این پژوهش، محیط کشت ام.آر.اس-بایل آگار (غلظت 0.15 صفرا) به طور موثری در شمارش اختصاصی کشت های مخلوط پروبیوتیک در حضور کشت های مروفیل و/یا باکتری های ماست، وقتی پلیت ها در 37 oC به مدت زمان 72 ساعت گرمخانه گذاری شدند، به کار برده شدند.

متابولیسم قند دی ساکاریدی ترهالوز (آلفا، آلفا دی گلوکز) در گیاهان ضروری می باشد. بر روی محیط کشت موراشیگ و اسکوگ ترهالوز از رشد گیاهان و تخصیص کربن به ریشه ها جلوگیری می کند. یک مهارکننده اثر توقف رشد میانجی شده توسط ترهالوز-6-فسفات (T6P)، GR-RBP2، در جزییات بیشتر مورد مطالعه قرار گرفته است. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که احتمالا GR-RBP2 دارای یک نیا پروکاریوتی می باشد. موتانتی از این ژن (SALK-059714) که حاوی T-DNA در ژن GR-RBP2 است شناسایی شده و نشان داده شد که این موتانت در مقایسه با گیاه وحشی در روی محیط کشت حاوی منابع مختلف کربن یا ترهالوز تغیری در رشد نشان نمی دهد. آنالیز بیان GUS نشان داد که GR-RBP2 در برگهای جوان، گلها و غلاف ها بیان می شود. بیان این ژن در نوک ریشه بسیار بالا بود. همچنین بیان این ژن نسبت به تیمار100 mM 100  ترهالوز حساسیتی نشان نداد. نسخه های Tap-tagged این پروتئین نشان داد که احتمالا GR-RBP2 بخشی از یک کمپلکس در گیاهان است.

آنزیم فنیل آلانین آمونیا-لیاز (PAL) یکی از مهمترین آنزیم ها در مسیر تولید فنیل پروپانوئیدها در گیاهان می باشد که نقشی کلیدی در تنظیم تولید این ترکیبات داشته و با انجام عمل دآمیناسیون، اسید آمینه ال-فنیل آلانین را به ترانس سینامیک اسید تبدیل می کند. این مرحله در بررسیهای مهندسی متابولیک و همچنین در افزایش بیان و تولید ترکیبات عمده فنیل پروپانوئیدی از قبیل متیل چاویکول، بسیار قابل توجه است. در این تحقیق، میزان بیان و فعالیت آنزیم فنیل آلانین آمونیا-لیاز در مراحل مختلف رشد (گیاهچه، ابتدا و انتهای فاز رویش، مرحله جوانه زنی و گلدهی) بررسی شده و ارتباط آن با میزان ترکیبات فنیل پروپانوئیدی مقایسه گردید. فعالیت آنزیم فنیل آلانین آمونیا-لیاز توسط اسپکتروفتومتر، میزان بیان ژن آن با تکنیک (RT-PCR) نیمه کمی و میزان فنیل پروپانوئیدها با استفاده از GC/MS اندازه گیری شدند. نتایج نشان دادند که میزان بیان و فعالیت این آنزیم در طی مراحل رشد تغییر می کند. بطوریکه بیشترین میزان بیان ژن و فعالیت آنزیم PAL (0.851 میکرو مولار سینامیک اسید/میلی گرم در دقیقه) در مرحله پیش گلدهی یا جوانه زنی مشاهده شد. همچنین مشخص شد که تغییرات مقدار متیل چاویکول، با تغییرات میزان بیان و فعالیت آنزیم PAL مرتبط می باشد.

پاسخ گیاهان به تنش خشکی فرآیند پیچیده ای است که شامل تشخیص سیگنال، تقویت و انتقال درون سلولی آن و سرانجام کنش عملکردی سلول می باشد. عوامل رونویسی وظایف مهمی در مسیرهای سیگنال دهی فرایندهای مرتبط با تنش های غیر زیستس ایفا می نمایند. در این پژوهش، ویژگی های عملکردی ژن رمز کننده یک عامل رونویسی از زیر خانواده NF-Y در برنج تحت شرایط تنش خشکی به طور جزئی تعیین گردید. بی اثر کردن این ژن از طریق وارد نمودن یک قطعه بزرگ DNA در ناحیه رمز کننده در برنج منجر به ایجاد گیاهانی (گیاهان جهش یافته) شد که ضمن تحمل خشکی قادر به بازگشت به رشد نرمال پس از برطرف نمودن شرایط تنش بودند. بررسی های فیزیولوژیک ثابت نمودند که این تحمل به خشکی در گیاهان جهش یافته بطور عمده ناشی از مکانیسم های غیر مرتبط با روزنه نظیر حذف رادیکالهای آزاد است. این اثرات می تواند با تغییرات در متابولیسم هیدروکربنها در ارتباط باشد.

تیفوئید یا سالمونلوز یک بیماری شایع در اسب است. در چندین مطالعه اپیدمیولوژیک انجام شده در اسبان بستری شده بیمارستانی سروتیپ های مختلف سالمونلا غالب و عامل بوده اند. حمل و نقل، تراکم، دهیدراتاسیون، مصرف خوراکی آنتی بیوتیک و عفونت های مختلف، عوامل مستعد کننده ای هستند که امکان دارد سالمونلوز تحت بالینی یا نهفته را فعال نمایند. در این مطالعه بروز ناگهانی بیماری تیفوئید ناشی از سالمونلا گروه سرمی B در یک گله اسبچه خزر ایرانی نگاهداری شده در یک مرکز پرورشی اطراف تهران به دقت مورد بررسی قرار گرفت. در طی نقل و انتقال این گله 2 اسبچه آبستن سقط نموده و 4 اسبچه دیگر به علت سپتی سمی حاد تلف شده بودند. در بررسیهای آسیب شناسی و باکتری شناسی سالمونلوزیس علت اصلی سقط و تلفات شناخته شد. سپس از یک روش واکنش زنجیره ای پلیمراز چند گانه ای اختصاصی برای تعیین هویت و تایید تشخیص دقیق سرووار جدا شده بهره گرفته شد. سالمونلا تیفی موریوم از مغز استخوان، غدد لمفاوی مزانتریک، کبد و محتویات روده جدا و تایید شد ولی از مدفوع اسبچه های سالم جدا نشد. آزمونهای الکتروفورز در میدان الکتریکی متناوب (PFGE) و حساسیت آنتی بیوتیکی نیز جهت تعیین دقیق هویت سرووار مورد نظر انجام شد. PFGE با جدایه در الگوی سالمونلاهایی که بیش از 30 سال در ایران حضور داشته مشابه تشخیص داده شد. بنابراین به علت اهمیت ابتلا اسبچه به سالمونلوز، استفاده از روشهای تشخیص سریع مانند واکنش زنجیره ای پلیمراز چند گانه ای اختصاصی توصیه می شود که این روش در مقام مقایسه با دیگر روشها، علاوه بر ارزیابی سریعتر تعداد زیادی از نمونه ها در یک زمان، قادر است چندین ژن از جمله ژنهایی که حضورشان نشانگر حدت جدایه مورد نظر و در نتیجه اهمیت بالینی و اپیدمیولوژیک آن می باشد را در زمان کوتاه و به صورت جداگانه نشان دهد.

فن آوری فیوژن پروتئین یک استراتژی کارآمد با صرفه اقتصادی و پرسرعت برای بیان پروتئین است. توکسین های اپسیلون و بتا کلستریدیوم پرفرینجنز از توکسین های قوی کلستریدیائی به شمار می آیند که می توانند بیماری های کشنده ای را در دام تولید کنند. مقاله حاضر فیوژن آزمایشگاهی(in silico)  ژن های اپسیلون و بتا کلستریدیوم پرفرینجنز تیپ هایD  و B را که برای کلونینگ در E.coli استفاده شده اند مورد بررسی قرار می دهد. ژن های etx و cpb از ژن بانک بدست آمد و فیوژن ژن مورد نیاز برای تولید فیوژن پروتئین کایمریک طراحی گردید. ساختمان های دوم و سوم و ویژگی های فیوژن پروتئین با استفاده از نرم افزار های آنلاین بیوانفورماتیک تعیین گردید. نتایج نشان دادند که فیوژن ژن طراحی شده از ساختار مناسبی برای بیان فیوژن پروتئین مورد نظر برخوردار است.

تنظیم عمومی نیتروژن در باسیلوس کلاوزی نیازمند عامل رونویسی TnrA است. برای کسب یک دیدگاه کلی درباره تنظیم ژن بوسیله TnrA در باسیلوس کلاوزی، کل ژنوم باسیلوس کلاوزی برای شناسائی توالی توافقی 5TGTNAN7TNACA3 به عنوان محل ویژه TnrA بررسی و 13 واحد نسخه برداری حاوی محل ویژه TnrA بالقوه تشخیص داده شد. مناطق هدف TnrA شناخته شده در این مطالعه عبارت بودند از: tnrA, glnA, nrgA, nasFDEB, licT، ژنهایpuc ، دو اوپرون ناقل اولیگو پپتید ABC، lytR، تنظیم کننده نسخه برداری خانواده Lrp/AsnC، ژنهای hyu و یک پروتئین ناشناخته از نظر بیوشیمیائی.