مقدمه: ناکارآمدی ارتباطات بین دانشگاه علوم پزشکی و بیمارستان های آموزشی وابسته آن، می تواند در مدیریت بیمارستان و کارکردهای مختلف آن مانند ارائه خدمات، آموزش و پژوهش مشکلاتی ایجاد کند. این مطالعه به منظور درک دقیق این ارتباطات و نیز چالش های موجود از دیدگاه ذی نفعان مختلف در یکی از دانشگاه های علوم پزشکی مستقر در شهر تهران، انجام شد. روش پژوهش: در این مطالعه کیفی، برای جمع آوری داده ها، 33 مصاحبه حضوری نیمه ساختارمند و یک بحث گروهی متمرکز انجام شد. شرکت کنندگان از طریق نمونه گیری هدفمند و گلوله برفی، از بیمارستان های آموزشی و واحدهای ستادی انتخاب شدند. برای تحلیل داده های مصاحبه ها از روش تحلیل محتوای قراردادی و نرم افزار تحلیل کیفی MAXQDA استفاده شد. کدزنی و طبقه بندی کدها توسط دو پژوهشگر به صورت مستقل انجام شد. یافته ها: از چالش های موجود در ارتباطات بیمارستان ها و واحدهای مختلف ستادی دانشگاه، 1275کد به دست آمد که پس از دسته بندی های مفهومی، به 14 ساب تم و 4 تم اصلی «تصمیم گیری و سیاست گذاری»، «تأمین منابع»، «نظارت و ارزیابی» و «جریان اطلاعات» طبقه بندی شدند که همه این تم ها زیرمجموعه ی یک تم محوری به نام «یکپارچگی» قرار گرفتند. نتیجه گیری: تحلیل وضعیت موجود و چالش های ناشی از آن، لزوم بازنگری ارتباطات بین بیمارستان های آموزشی با واحدهای ستادی دانشگاه را نشان داد. این بازنگری باید به سمت کاهش تمرکزگرایی و افزایش قدرت تصمیم گیری در بیمارستان ها در ابعاد مختلف باشد. بدیهی است با توجه به مسئولیت اجتماعی و لزوم پاسخگویی دانشگاه و بیمارستان ها به انتظارات آموزشی و نیازهای درمانی جامعه، باید نقش حاکمیتی و نظارتی ستاد دانشگاه به خوبی مشخص و به درستی اجرا گردد.