تعیین میزان تنوع ژنتیکی موجود در ذخایر ژنتیکی برنج، اولین گام در جهت پیشرفت برنامه های به نژادی برنج می باشد. در این مطالعه تنوع ژنتیکی 50 رقم برنج با استفاده از 40 نشانگر ریزماهواره مرتبط با آهن و روی مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج تجزیه مولکولی نشان داد که تعداد آلل های مشاهده شده در هر جایگاه نشانگری با میانگین 5.27 آلل از 2 تا 10 آلل متغیر بود. میزان محتوای اطلاعات چندشکلی در بین نشانگرها از 0.24 (RM19675) تا 0.83 (RM276، RM402) متغیر بود. میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی 0.63 برآورد شد. بیشترین میزان تنوع ژنتیکی و شاخص شانون در نشانگر RM276 مشاهده گردید. در ارزیابی تجزیه ساختار، ارقام به دو زیر جمعیت تقسیم شدند، زیر جمعیت اول شامل ارقام بومی و دوم شامل ارقام اصلاحی و خارجی بودند. در تجزیه واریانس مولکولی، واریانس درون جمعیتی بیشتر از واریانس بین جمعیتی بوده و حداقل فاصله ژنتیکی بین ارقام اصلاحی و خارجی و حداکثر آن بین ارقام بومی و خارجی مشاهده شد. بر اساس تجزیه خوشه ای نیز ارقام بومی در گروه مجزایی نسبت به سایر ارقام قرار گرفتند. این نتایج می تواند جهت طراحی برنامه های به نژادی آهن و روی دانه و گسترش پایه های ژنتیکی ارقام برنج استفاده شود.