زمینه: سندرم تخمدان پلی کیستیک شایع ترین بیماری اندوکرین زنان در سنین باروری محسوب می شود. علایم و عوارض آن طیفی از تظاهرات بالینی مختلف نظیر، اختلال چرخه قاعدگی، افزایش خطر ابتلا به هایپرپلازی آندومتر، نئوپلازی، افزایش خطر دیابت نوع 2 و نازایی می باشد. هدف: مطالعه حاضر با هدف مقایسه تاثیر دو داروی متفورمین و کلسیم-د در تنظیم چرخه قاعدگی این بیماران انجام شده است. مواد و روش ها: این کارآزمایی بالینی تصادفی یک سویه کور، سال 1391 در بیمارستان کوثر انجام شد. در این مطالعه، 60 خانم در سنین باروری 20 تا 40 سال مبتلا به سندرم تخمدان پلی کیستیک طبق معیارهای کارگروه روتردام انتخاب و به طور تصادفی به دو گروه 30 نفره تقسیم شدند. در گروه اول روزانه یک عدد قرص کلسیم-د (1000 میلی گرم کلسیم، 400 واحد ویتامین د) و در گروه دوم سه عدد قرص متفورمین 500 میلی گرم روزانه به مدت 6 ماه داده شد. در انتهای مطالعه سونوگرافی از تخمدان ها، تغییرات میانگین فاصله چرخه های قاعدگی و سطح تستوسترون خون بررسی شد. تمامی داده ها با آزمون های آماری تی مستقل و تحلیل واریانس اندازه های تکراری تجزیه و تحلیل شدند. یافته ها: متوسط چرخه قاعدگی در ابتدا و انتها در گروه کلسیم 56.45±33.35 و در گروه متفورمین 53.71±33.12 روز بود که اختلاف آماری معنی داری نداشت. بعد از درمان در سونوگرافی حجم تخمدان ها در گروه کلسیم %51 و متفورمین %49 کاهش یافت که اختلاف آماری معنی داری مشاهده نشد. نتیجه گیری: مطالعه حاضر نشان داد که هر دو دارو در تنظیم چرخه قاعدگی و کاهش حجم تخمدان ها در زنان مبتلا به سندرم تخمدان پلی کیستیک اثر مشابه دارد.