مقدمه: با توجه به اهمیت مدیریت اقتصاد در آموزش ضرورت دارد تا به دنبال راهی برای مدون نمودن علمی چگونگی اختصاص بودجه در دانشکده های وابسته به دانشگاه های علوم پزشکی بود. در این پژوهش با استفاده از «نظریه کارفرما- مجری»، پژوهش گران با هدف تعیین شاخص هایی برای تخصیص بودجه در دانشکده های مختلف دانشگاه علوم پزشکی مبتنی به اصول علمی مدیریت و اقتصاد به انجام این پژوهش اقدام نمودند.مواد و روش ها: این مطالعه کیفی به صورت تشکیل جلسات صاحب نظران و به روش دلفی انجام گردید. با مطالعه روش های تخصیص بودجه کشورهای مختلف و با در نظر گرفتن شرایط حاکم بر دانشگاه و دانشکده های تحت پوشش، شاخص های تخصیص بودجه تدوین گردیدند.نتایج: تخصیص بودجه آموزش در دانشگاه علوم پزشکی منتخب، متناسب با عملکرد دانشکده ها، تعداد اعضای هیات علمی، تعداد دانشجویان و مقطع دانشجویان و هزینه بری رشته نبوده است. بررسی ها نشان داد تخصیص اعتبارات هر دانشکده بیش تر معطوف به میزان هزینه های سال قبل و قدرت چانه زنی روسای دانشکده ها بوده است و برونداد حاصل از عملکرد کم تر به عنوان شاخص به کار برده می شده است.نتیجه گیری: بر اساس نتایج به دست آمده در این پژوهش، اقداماتی نظیر چانه زنی و توجیهات کلامی برای افزایش سهم دانشکده از بودجه کل دانشگاه در دانشگاه علوم پزشکی منتخب برای انجام این پژوهش جای خود را به ارایه مستندات و عملکرد در جهت توسعه و حتی ارتقای کیفیت آموزش داد. این مطالعه نشان داد مناسب ترین شاخص برای تقسیم منابع مالی آموزش بین دانشکده های مختلف یک دانشگاه، بر اساس تعداد دانشجو و هزینه بری هر رشته و مقطع می باشد. در این مطالعه ضرایب هزینه بری رشته و مقطع تعیین و بومی شد.