اسانس ها به عنوان محرک های رشد، نقش مهمی در بهبود فلور میکروبی و خصوصیات مورفولوژیکی روده و سیستم ایمنی در جوجه های گوشتی دارند. هدف از مطالعه حاضر، ارزیابی تاثیر اسانس آویشن و کاکوتی بر فلور میکروبی روده در جوجه های گوشتی بود. بدین منظور 468 قطعه جوجه گوشتی نر سویه راس- 308، با سه ترکیب اسانسی آویشن، کاکوتی و مخلوط آویشن و کاکوتی، در دو شکل استفاده (در آب و در خوراک) و در دو سطح (0.15 و0.3 درصد جیره) در 13 تیمار با 3 تکرار و 12 قطعه جوجه در هر تکرار، از سن 10 تا 42 روزگی مورد آزمایش قرار گرفتند. در سن 42 روزگی دو قطعه جوجه از هر تکرار انتخاب و بعد از 12 ساعت گرسنگی دادن، کشتار شدند. سپس قطعه ای از ایلئوم هر پرنده جهت شمارش جمعیت میکروبی به آزمایشگاه ارسال شد. شمارش کلی باکتری های کلی فرم و لاکتوباسیلوس در مورد هر نمونه انجام شد و نتایج توسط نرم افزار SPSS تحلیل گردیدند. شمارش کلی باکتری های کلی فرم در گروه های تغذیه شده با 0.3 درصد مخلوط آویشن و کاکوتی کمترین مقدار بود، ولی با گروه شاهد اختلاف معنی داری را نشان ندادند. شمارش کلی لاکتوباسیلوس در گروه تغذیه شده با 0.3 درصد مخلوط آویشن و کاکوتی در دان، بیشترین تعداد را نشان داد که در مقایسه با گروه شاهد اختلاف معنی داری داشت (0.05>p). به طورکلی، تفاوت معنی داری از نظر روش مصرف آویشن و کاکوتی در بین گروه های آزمایشی مشاهده نشد. نتایج مطالعه نشان داد افزودن اسانس 0.3 درصد مخلوط آویشن و کاکوتی به جیره غذایی جوجه های گوشتی می تواند در بهبود میکروفلور مفید (لاکتوباسیلوس) و کاهش باکتری های مضر (اشریشیاکولای) ایلئوم در این جوجه ها موثر باشد.