36 ژنوتیپ گندم نان شامل6 رقم اصلاح شده و30 ژنوتیپ دیگر که از مناطق مختلف ایران و سایر کشورها جمع آوری و تهیه شده اند، در دو محیط رطوبتی (آبیاری نرمال و کم آبیاری) در قالب طرح بلوک کامل تصادفی با سه تکرار در هر محیط، مورد ارزیابی قرار گرفتند و با اندازه گیری میانگین عملکرد دانه در دو محیط برای هر ژنوتیپ، شاخص های تحمل و حساسیت به تنش محاسبه گردید و رابطه بین تعدادی از نشانگرهای ریز ماهواره مرتبط با تحمل به خشکی و میزان تحمل به خشکی ژنوتیپ های مورد بررسی مطالعه شد. گروه بندی ژنوتیپ ها بر اساس شاخص تحمل به تنش (STI)، میانگین هندسی بهره وری (GMP)، شاخص میانگین عملکرد (MP) و عملکرد دانه در متر مربع در شرایط تنش (Ys) و شرایط بدون تنش (Yp) با استفاده از تجزیه خوشه ای انجام شد و ژنوتیپ ها به سه گروه تقسیم شدند. ژنوتیپ های 113/11، 1553، 176، 198، 3798، 689، 894، 9016، 910، 99، کوهدشت، پیشتاز، زاگرس، سیوند و ژنوتیپ های 1637، سرداری، 2047، 2103، آذر2، 871، 890 به ترتیب به عنوان ژنوتیپ های متحمل و نیمه متحمل شناسایی شدند. تجزیه خوشه ای بر اساس نشانگر های ریز ماهواره نیز ژنوتیپ ها را به سه گروه تقسیم بندی نمود. مقایسه دندروگرام ها بیانگر ارتباط معنی دار بین تحمل به خشکی و نشانگرهای SSR بود. همچنین تجزیه رگرسیونی بین عملکرد در هر دو شرایط و شاخص های GMP وSTI, MP بعنوان متغیرهای وابسته و باندهای نشانگر بعنوان متغیر مستقل نشان داد که آغازگرهای (WMC179، WMC307 و WMC322 ) به عنوان مؤثرترین نشانگر در MAS برای بهبود عملکرد در شرایط تنش و بدون تنش می باشند.