بیماری آنفلوانزای پرندگان تحت تیپ H9N2 یکی از بیماریهای ویروسی مهم است که به علت ایجاد افزایش تلفات و کاهش تخمگذاری در گله های مبتلا، خسارات اقتصادی فراوانی را به صنعت پرندگان کشور وارد آورده است. روش متداول برای تشخیص بیماری، جداسازی ویروس در تخم مرغ های جنین دار 10-9 روزه می باشد که گاهی بسیار وقت گیر می باشد. با توجه به وقوع آنفلوانزای فوق حاد در بسیاری از کشورهای جنوب شرقی آسیا و کشور همسایه پاکستان، این مطالعه شکل گرفت تا با استفاده از روشی سریع و مطمئن تشخیص تیپ A و تحت تیپ های H9, H7, H5 ویروس آنفلوانزای پرندگان در بافت نای صورت گیرد. چهار واکنش RT-PCR با استفاده از پرایمرهای اختصاصی نوکلئوپروتئین تیپ A و تحت تیپ های H9, H7, H5 ویروس آنفلوانزای پرندگان بهینه شد. همچنین واکنش های RT-PCR نوکلئوپروتئین تیپ A و تحت تیپ H9 برای ردیابی ویروس بر روی بافت نای بهینه و به صورت مدل مشابه برای واکنش های RT-PCR تحت تیپ های H5 و H7 بر روی بافت استفاده گردید. سپس با استفاده از واکنش های فوق 50 وقوع مشکوک به آنفلوانزای فوق حاد که از نقاط مختلف کشور در طی سالهای 1382 الی 1383 نمونه برداری شده بودند مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفتند. در هیچ یک از نمونه های بررسی شده ویروس های تحت تیپ H5 یا H7 شناسایی نشد. واکنش های RT-PCR برای H9 و نوکلئوپروتئین به ترتیب در 50 و 57 درصد جمعیت پرندگان صنعتی مورد مطالعه مثبت ارزیابی شدند. حساسیت بیشتر واکنش نوکلئوپروتئین نسبت به تحت تیپ H9 مربوط به قابلیت سنجش میزان کمتر RNA ویروسی در واکنش نوکلئوپروتئین بود. اگر چه ویروس های H9N2 ایران جزو ویروس های با حدت کم تقسیم بندی شده اند ولی به نظر می رسد این ویروس ها حضور گسترده ای در گله های با تلفات بالا دارند. به طور کلی می توان گفت روش RT-PCR به علت سرعت، حساسیت و ویژگی زیادش یک روش قابل اعتماد در تشخیص سریع آزمایشگاهی آنفلوانزای پرندگان در پرندگان مبتلا است که می توان از این روش در مراکز نظارتی که تشخیص سریع بیماری هدف عمده می باشد سود جست.