در این بررسی تعداد 54 جمعیت از 22 گونه جنس یونجه (Medicago) جمع آوری شده از رویشگاه های طبیعی کشور مورد بررسی قرار گرفتند. نمونه برداری از برگ های جوان هر جمعیت به صورت Bulk صورت گرفت. گوناگونی ژنتیکی با استفاده از روش RAPD-PCR مورد مطالعه قرار گرفت. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی با روش ماکزیمم پارسیمونی (Maximum Parsimony) با استفاده از نرم افزار ´PAUP انجام شد. گونه هایی که در بررسی صفات ریخت شناسی شباهت زیادی با یکدیگر داشتند در این تحقیق نیز در مجاورت هم در یک کلاد قرار گرفتند. گونه های M. rigiduloidos، M. constricta،M. aculeala و M. rigidula که با داشتن خار و دیواره سخت و بافت اسفنجی شباهت زیادی به هم دارند در این بررسی در کنار هم قرار گرفتند و گونه های M. laciniata، M. sauvagei و M. polymorpha با داشتن دیواره نرم و انعطاف پذیر در نیام نیز در یک کلاد قرار دارند، بنابراین تا حدودی با ویژگی های مورفولوژیک مطابقت نشان می دهند. همچنین با بررسی جمعیت های مربوط به یک گونه مشخص می شود که در مورد گونه هایی که پراکنش وسیع در ایران دارند جمعیت هایی از یک گونه که متعلق به مناطق آب و هوایی مجاور هم می باشند در این بررسی نیز در یک کلاد مجاور هم قرار می گیرند. از جمله می توان به گونه M. minima با پراکنش بسیار وسیع اشاره نمود که دو جمعیت خوزستانی و فارسی آن با شرایط آب و هوایی مشابه در مجاورت هم و جمعیت دیگر که متعلق به کرمانشاه است با فاصله بیشتری از آن قرار دارد. در مورد گونه M.orbicularis نیز جمعیت های مربوط به استان های کرمانشاه و لرستان مجاور هم و با ضریب اطمینان 90 درصد و جمعیت بوشهری آن با شرایط آب و هوایی دیگر در فاصله بیشتری از این دو جمعیت قرار دارد. این مسئله نشان می دهد که تنوع ژنتیکی در مورد گونه های با گسترش زیاد از الگوی پراکنش جغرافیایی تبعیت می کند. در مجموع نتایج این تحقیق نشان دهنده کارآیی نشانگرهای مولکولی در تعیین قرابت و خویشاوندی تاکسونها در سطح گونه و واحدهای تحت گونه های می باشد و می تواند به عنوان ابزار مکمل در شناسایی تاکسونومیک گونه های جنس یونجه استفاده گردد.