دنیای میکروب ها
سال:1391 | دوره:5 | شماره:1 و 2 (پیاپی 12) |تعداد مقالات:7

روش تکثیر هم دمایی به واسطه حلقه (LAMP) مبتنی بر تکثیر اسید نوکلئیک در دمای ثابت 62-65oC است. در این روش بدون نیاز به مرحله واسرشت شدن حرارتی، به کمک آنزیم DNA پلی مراز Bst به صورت هم زمان امکان جداسازی و تکثیر دو رشته DNA وجود دارد. بنابراین بر خلاف سایر روش های متداول تکثیری، بدون نیاز به چرخه های دمایی و دستگاه ترموسایکلر و با استفاده از تجهیزات ارزان قیمتی مانند حمام آب گرم و یا بلوک حرارتی قابل انجام است. برای طراحی واکنش LAMP نیاز به 6 عدد پرایمر وجود دارد که توانایی اتصال کاملا اختصاصی به 8 ناحیه مجزا از توالی هدف را داشته باشند. در نتیجه واکنش LAMP مقدار بسیار زیادی محصول ایجاد می شود که بدون نیاز به روش پر زحمت الکتروفورز در ژل، به کمک روش های ساده تری مانند مشاهده کدورت و یا تغییر رنگ ناشی از رنگ های فلورسنس در مخلوط واکنش به سادگی قابل تشخیص می باشد. بدین ترتیب روش LAMP با توجه به مزایایی مانند حساسیت و ویژگی مناسب، کارایی بالا، عدم نیاز به تجهیزات آزمایشگاهی گران قیمت و سادگی تشخیص، می تواند به عنوان ابزاری ارزشمند برای تشخیص سریع بیماری های عفونی در آزمایشگاه های کلینیکی و بیمارستانی به ویژه در کشورهای درحال توسعه به کار برده شود. این مقاله با هدف معرفی مبانی و کاربردهای روش LAMP در تشخیص عوامل عفونی تدوین گردیده است.

سابقه و هدف: رودوباکتر باکتری گرم منفی، میله ای شکل و فتوتروفیک ارغوانی است که با اکسیداسیون سولفید هیدرژن به گوگرد قادر به حذف این ترکیب از محیط می باشد. هدف از این پژوهش، جداسازی و شناسایی مولکولی رودوباکتر بود.مواد و روش ها: به منظور جداسازی رودوباکتر، نمونه های پساب از استخر بی هوازی تصفیه خانه فاضلاب مهدی شهر جمع آوری و بر روی محیط فیننیگ I کشت داده شدند. پس از استخراج DNA ژنومی از باکتری های رشد کرده بر روی محیط یاد شده، از روش PCR به منظور تکثیر ژن 16 rRNA استفاده گردید. سپس محصول PCR تعیین توالی و به منظور شناسایی دقیق باکتری جداسازی شده، ترادف بازی آن BLAST گردید.نتایج: باکتری جداسازی شده از نظر ماکروسکوپی، بر روی محیط کشت اختصاصی کلنی قرمز ایجاد کرد و از نظر میکروسکوپی، میله ای گرم منفی بود. نتایج به دست آمده از مقایسه ترادف بازی 16S rRNA باکتری جداسازی شده نشان داد که این باکتری متعلق به جنس رودوباکتر است و شباهت 99% به گونه رودوباکتر اسفروئیدس دارد.نتیجه گیری: این مطالعه اولین گزارش جداسازی رودوباکتر در ایران می باشد. همچنین در این بررسی برای اولین بار یک سویه جدید از گونه رودوباکتر اسفیروئیدس از فاضلاب جداسازی و به عنوان سویه IRSMM1 در بانک جهانی ژن با شماره JX262384 ثبت گردید.

سابقه و هدف: آنزیم سیالیداز با تجزیه گلیکوپروتئین و گانگلیوزیدهای سطح سلول موجب تغییرات فیزیولوژی سلول و در نتیجه افزایش بیماری زایی می گردد. امروزه سیالیدازها در میکروارگانیسم های مختلفی مانند باکتری ها، پروتوزوآها و غیره جداسازی شده اند. بنابراین یافتن منابع ارزان و در دسترس جهت تولید آنزیم ها از اهمیت بسزایی برخوردار می باشد. این مطالعه با هدف جداسازی باکتری های مولد سیالیداز از فلور طبیعی دهان انجام گرفت.مواد و روش ها: این پژوهش به صورت مقطعی – توصیفی بر روی 94 نمونه سواب تهیه شده از دهان از افراد مراجعه کننده به واحد دندانپزشکی شهریار انجام شد. برای جداسازی و تعیین هویت باکتری ها از محیط کشت ها وآزمون های اختصاصی استفاده گردید. با استفاده از آزمون حساس فلورومتریک '2-(4-متیل آمبلیفریل)-a-DN استیل نورامینیک اسید به عنوان سوبسترا، باکتری های مولد سیالیداز شناسایی شدند. همچنین میزان پایداری آنزیم در pH و دماهای متفاوت مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: در مطالعه حاضر باکتری های جداسازی شده به جنس های استرپتوکوکوس، باکتریوئیدس، فوزوباکتریوم، کاپنوسیتوفاگا و اکتینوباسیلوس تعلق داشتند. استرپتوکوک های جدا شده با 98% تشابه متعلق به گونه های استرپتوکوکوس نمونیه، استرپتوکوکوس میوتانس، استرپتوکوکوس سانگوئیس، استرپتوکوکوس سالیواریوس و استرپتوکوکوس ارالیس بودند. بیشترین فعالیت آنزیم سیالیداز در استرپتوکوک ها و باکتریوئیدس ها در pH بهینه 6 و دمای 35 درجه مشاهده گردید. همچنین تولید آنزیم به موازات رشد باکتری انجام پذیرفت.نتیجه گیری: میکروفلور طبیعی دهان افراد سالم حاوی تعداد زیادی از باکتری مولد آنزیم سیالیداز می باشد که می تواند به عنوان منبعی ارزان و در دسترس در تولید آنزیم در مصارف صنعتی و پزشکی بکار گرفته شود.

سابقه و هدف: آنزیم ال-آسپاراژیناز می تواند به طور موثری در درمان بیماری لوسمی لنفوبلاستیک حاد و سلول های توموری و همچنین در صنایع غذایی مورد استفاده قرار گیرد. آنزیم آسپاراژیناز اولین آنزیم با فعالیت ضدتوموری است که به طور وسیع در انسان مورد مطالعه قرار گرفته است. هدف از این پژوهش، جداسازی و شناسایی باکتری های بومی ایران مولد آنزیم آسپاراژیناز و تعیین فعالیت آنزیم در این جدایه ها بود.مواد و روش ها: نمونه های آب و خاک به طور تصادفی از شهرهای مختلف ایران جمع آوری گردید. به منظور غربال گری کیفی باکتری ها از نظر تولید آنزیم، سویه های مختلف روی محیط M9 آگار حاوی فنل رد به عنوان معرف pH کشت داده شدند. تولید آنزیم آسپاراژیناز در شرایط تخمیر غوطه ور انجام و میزان فعالیت آنزیم با استفاده از روش نسلریزاسیون، اندازه گیری شد.یافته ها: از بین 61 سویه جداسازی شده، 11 سویه مولد آنزیم بودند. از میان آن ها یک سویه بیشترین فعالیت آنزیم را نشان داد. این سویه ترموفیل بود و پس از انجام آزمون های بیوشیمیایی مشخص شد که به جنس باسیلوس ها تعلق دارد. فعالیت آنزیمی این سویه پس از 48 ساعت گرماگذاری در دمای 45 درجه سانتی گراد 1613.178 بر میلی لیتر بود.نتیجه گیری: با توجه به کاربرد آسپاراژیناز در زمینه های مختلف، آنزیم تولید شده توسط این سویه پس از انجام مطالعات بیشتر، می تواند یک گزینه مناسب به منظور استفاده کاربردی باشد.

سابقه و هدف: شیر و فرآورده های آن نقش مهمی در رژیم غذایی انسان و سلامت جامعه ایفا می نمایند. بنابراین توجه به بهداشت آن از اهمیت زیادی برخوردار است. این پژوهش با هدف بررسی میزان آلودگی میکروبی شیر و فرآورده های لبنی تولید شده در واحدهای صنعتی استان قم انجام شد.مواد و روش ها:، در مجموع 903 نمونه مختلف انواع شیر و فرآورده های لبنی به صورت مقطعی- توصیفی از 10 کارخانه تولید لبنیات در استان قم جمع آوری گردید. تمامی نمونه ها به منظور شناسایی آلودگی های میکروبی با استفاده از روش کشت و آزمون های بیوشیمیایی مورد بررسی قرار گرفتند.یافته ها: از نظر کیفی 809 مورد (%89.6) از نمونه های مورد بررسی، دارای کیفیت قابل قبول و 94 مورد (%10.4) دارای کیفیت غیرقابل قبول بودند. در مجموع میکروارگانیسم های آلوده کننده غیرقابل قبول که بیش از حد مجاز استاندارد در نمونه های مورد بررسی یافت شدند به ترتیب از نظر فراوانی شامل: انتروباکتریاسه (%6.3) ، اشریشیا کلی (%6.1)، کپک و مخمر (%4.8)، کلی فرم (%4.7)، باکتری های هوازی مزوفیل (%4.2) و استافیلوکوکوس اورئوس کوآگولاز مثبت (%1.1) بودند.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که بیشتر محصولات تولید شده در صنایع غذایی استان قم، دارای کیفیت مطلوب یا قابل قبول می باشند. با این وجود، با توجه به آلودگی میکروبی برخی از محصولات کارخانجات و نیز کیفیت غیرقابل قبول آن ها، باید اقدامات بهداشتی و کنترلی در راستای حذف آلودگی های شیر و فرآورده های حاصل از آن انجام گیرد.

سابقه و هدف: انتروکوک ها بخشی از فلور طبیعی روده انسان و حیوانات را تشکیل می دهند. در صورت خروج این باکتری ها از مکان طبیعی شان، عفونت هایی مانند باکترمی، اندوکاردیت و عفونت دستگاه ادراری را در بیماران بستری شده در بیمارستان ایجاد می کنند. این پژوهش با هدف ارزیابی شیوع سویه های انتروکوک مقاوم به ونکومایسین جدا شده از نمونه های مدفوع بیماران بخش مراقبت های ویژه انجام شد.مواد و روش ها: این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی بر روی 156 نمونه سوآب مدفوع جمع آوری شده از 3 بخش مراقبت های ویژه بیمارستان شهید بهشتی کاشان انجام شد. تشخیص انتروکوک ها با رنگ آمیزی گرم و آزمون های بیوشیمیایی انجام شد. تست سنجش مقاومت آنتی بیوتیکی با استفاده از معیارهای CLSI انجام شد. شناسایی انواع ژن های مقاومت به ونکومایسین با استفاده از روش PCR چندگانه انجام شد.یافته ها: انتروکوک ها در 135 نمونه مدفوع (%85) تشخیص داده شدند. میزان شیوع سویه های مقاوم به ونکومایسین %49.9 (58 مورد) بود. فراوانی ژن های vanA و vanC به ترتیب %69 و %6.9 بود. در این پژوهش هیچ کدام از ژن های vanB، vanD، vanE و vanG شناسایی نشد. %5.9 از بیماران دارای ژن مقاومت به ونکومایسین به 3 تا 4 آنتی بیوتیک و %35.4 از آن ها به 1 تا 2 آنتی بیوتیک مقاوم بودند.نتیجه گیری: یافته های ما نشان داد که مصرف آنتی بیوتیک ها می تواند منجر به افزایش فنوتیپ مقاومت گردد. میزان شیوع سویه های مقاوم به ونکومایسین 3.6 برابر در بیمارانی که این آنتی بیوتیک را مصرف کرده بودند بیشتر بود. همچنین نتایج نشان داد که افزایش مصرف تعداد آنتی بیوتیک ها از 1 تا 2 به 3 تا 4 آنتی بیوتیک باعث افزایش 2.65 برابری مقاومت آنتی بیوتیکی در انتروکوک ها می شود.