با توجه به اهمیت انتروتوکسین های استافیلوکوکوس آرئوس به عنوان یکی از عوامل عمده مسمومیت های غذایی، بررسی روش های متعدد نظیر جداسازی، شناسایی و دسته بندی این انتروتوکسین ها ضروری است. در این تحقیق 22 سویه باکتری استافیلوکوکوس آرئوس کوآگولاز مثبت جدا شده از پنیرهای سنتی روستاهای شهرستان مراغه برای بررسی وجود شش ژن انتروتوکسین با استفاده از روش Multiplex PCR مورد ارزیابی قرار گرفتند. ابتدا DNA نمونه ها استخراج شده و سپس Multiplex PCR برای حضور ژن های انتروتوکسین a، b، g،h ،i و j بر روی نمونه ها انجام شد. در بین ژن های انتروتوکسین مورد آزمایش ژن seg با بیشترین فراوانی (8 سویه) و ژن seb با کمترین فراوانی (منفی) گزارش شد. در 9 مورد (40.9%) از جدایه ها، ژن های انتروتوکسین مورد آزمایش مشاهده شد. چهار مورد (18.18%) دارای بیش از یک نوع ژن انتروتوکسین بودند. نتایج مطالعه نشان داد اکثر استافیلوکوکوس آرئوسهای جدا شده از پنیرهای محلی دارای پتانسیل تولید انتروتوکسین می باشند.