در مطالعه حاضر تنوع ژنتیکی درون و بین پنج جمعیت گوسفند ایرانی (سنجابی، کردی کردستان، کردی خراسان، مهربان و مغانی) با استفاده از شش جفت آغازگر ریزماهواره ای (OarFCB304, OarAE64, OarCP26, MAF64, McMA26, McMA2) بررسی گردید. واکنش های PCR با تمام آغازگرها بجز OarAE64 به خوبی انجام گردید. تمامی جایگاه ها در همه جمعیت ها چند شکل بودند. سه آلل اختصاصی در دو جایگاه برای جمعیت کردی خراسان به دست آمده ولی فراوانی قابل ملاحظه ای نداشتند. به جز جمعیت مغانی برای جایگاه McMA2، تمامی جمعیت های مورد مطالعه در جایگاه های ریزماهواره ای مورد بررسی در تعادل هاردی- واینبرگ بودند (P<0.005). کمترین و بیشترین فاصله ژنتیکی DA به ترتیب بین جمعیت های کردی کردستان و کردی خراسان (0.234) و بین سنجابی و مغانی (0.388) به دست آمد. درگروه بندی جمعیت ها براساس ماتریس فاصله ژنتیکی DA، که با دو روش پیوند همجواری (NJ) و روش جفت گروهی غیروزنی از طریق میانگین حسابی (UPGMA) انجام شد، دو جمعیت کردی خراسان و کردی کردستان با هم و سپس سنجابی با آنها در یک گروه قرار گرفت و جمعیت مهربان و مغانی یک گروه مجزا تشکیل دادند. بیشترین و کمترین تنوع درون جمعیتی، که برای هر جمعیت به صورت متوسط هتروزایگوسیتی مورد انتظار در همه جایگاه ها برآورد گردید، به ترتیب مربوط به جمعیت های مهربان (0.847) و کردی خراسان (0.744) بود. هم چنین زمان انشقاق بین دو جمعیت کردی 445 سال به دست آمد که با شواهد تاریخی همخوانی دارد.